Ciri utama pertanian modern berkelanjutan adalah implementasi pembangunan pertanian berbasis kekuatan dan kemampuan inovasi. Dengan demikian inovasi menjadi penggerak utama pembangunan pertanian melalui peningkatan produktivitas, efisiensi dan daya saing produk pertanian, upaya pencapaian ketahanan pangan, serta pengembangan agroindustri yang berkelanjutan. Berlandaskan pada paradigma penelitian untuk pembangunan, penelitian harus senenatiasa berorientasi pada kebutuhan pengguna, sehingga imu pengetahuan, teknologi dan kelembagaan yang dihasilkan lebih tepat guna.
Tantangan bagi para peneliti sebagai inovator adalah menemukan, menggali, menciptakan, dan merekaya berbagai inovasi yang layak diterapkan dengan dukungan kelembagaan yang sesuai dengan kondisi ekosistem wilayah. Oleh karena itu Badan Litbang Pertanian diharapkan mampu menjadi garda terdepan dalam membangun kemampuan inovatif para peneliti pada berbagai jenjang lembaga penelitian. Secara menyeluruh pembangunan pertanian modern memerlukan dukungan kebijakan dan komitmen politik pemerintah baik di pusat maupun daerah.