Menjawab tantangan pembangunan pertanian yang semakin komplek dalam menghadapi dinamika lingkungan milenial yang kompetitif, dibutuhkan terobosan teknologi inovatif yang handa dan presisi sesuai kebutuhan. Penciptaan teknologi dan inovasi pertanian handal perlu didukung oleh sistem kondusif dab terbuka "transfer of knowledge and technology" antara Balitbangtan dengan berbagai lembaga riset secara luas dan berkelanjutan. Padu padan dan jejaring kerja sama dan sinergi antar peneliti dalam berbagai bidang kepakaran serta antar lembaga dan para pemangku kepentingan perlu makin didorong dan diperkuat, seperti tercermin pada kwarter helix "akademisi, peneliti, penyuluh, dan petani", atau "perguruan tinggi, pemerintah, swasta/pebisnis, petani". Agar dapat menjalankan peran sebagai center of excellence dan menjaga marwahnya sebagai lembaga penelitian visioner terdepan serta penggerak utama dalam penelitian pangan dan pertanian nasional, Balitbangtan dituntut mampu mencanangkan dan membangun sinergi sistem penelitian dan pengembangan (litbang) pangan dan pertanian berkelanjutan.